Già nel 981, secondo un Diploma di Ottone II, Santo Stefano Magra ha la caratteristica di borgo mercantile sottoposto alla giurisdizione del Vescovo di Luni.
Più tardi, Federico I Barbarossa (1185) lo confermerà come "burgum cum mercatu, banno, iustitia, districtu, piscationibus".
In quell'epoca le fortune economiche della vicina Luni, per una serie di fatali calamità, stavano volgendo al tramonto. Gli abitanti di quell'antico insediamento romano, posto nel cuore della Lunigiana, avevano indirizzato il loro destino verso il settentrione della Via Francigena. Parte di loro, sulla scorta di un vecchio castello che dominava dall'alto il corso del fiume, le circostanti colline e il vicino litorale, lì fermarono i loro passi fondando il borgo di Sarzana. Altri proseguirono di poco il loro cammino, sin verso la «curva minacciosa» nella quale il Magra viene investito dalle acque del Vara, e lì su una piccola collina ai piedi del monte che sembra un umile avamposto del più imponente Appennino, la piccola frazione degli esuli dell'antica Luni diedero origine alla «novella patria».
S.Stefano e Sarzana, verso la fine del X° secolo, sono dunque due borghi con pieve e mercato riconosciuti da decreto imperiale come appartenenti alla giurisdizione del Vescovo di Luni e che per parecchi anni conservarono uguale rinomanza e fortuna; solo verso il 1163 Sarzana, meglio riconosciuta dal Barbarossa, avrà maggiori diritti e in avvenire sarà più sviluppata e potenziata di S.Stefano.
La prima attestazione dell'esistenza del Comune di S.Stefano Magra, come ci ricorda F. Bonatti, risale al 12 maggio 1202 quando nel lodo arbitrale pronunciato da Truffa da Castello ed Uberto di Parente oltre al Vescovo ed ai Malaspina, giurano pace anche «consules, milites et populus» di S.Stefano

Nel 1257, sotto l'egida del bellicoso vescovo Guglielmo, S.Stefano si doterà della sua giurisdizione comitale e si attribuirà maggiori concessioni, fra le quali il mercato settimanale alla domenica (generale forum sive mercatum) che lo definirà centro urbano e la sua pieve riferimento ad altre pievi.
Il Mazzoli, nella sua «storia critica e originale» afferma che la rivalità tra S.Stefano e Sarzana cessò solamente alla fine del XIII° secolo, lasciando ad ambedue i Comuni, pregni dell'istinto e dell'orgoglio della loro origine, un'ambizione che non si adatterà mai al reciproco riconoscimento.
Nel 1321 la comunità di S.Stefano Magra giura fedeltà a Castruccio Castracani, divenuto Visconte del Comitato Lunense e difensore del comune di Sarzana.
Nel 1421, caduta Genova nelle mani di Filippo Maria Visconti,  Ludovico Campofregoso riceve pacificamente dallo stesso duca di Milano la signoria di Sarzana e Sarzanello che comprende, tra gli altri, anche i castelli di Santo Stefano Magra.

significativo del fiume Magra, passa al Ducato di Milano che vi istituisce una podesteria.
Nel 1478, essendosi la Repubblica di Genova liberata del dominio milanese ed avendo la stessa patteggiato con Sisto IV contro Firenze, pretendendo in cambio Livorno, Sarzana e Sarzanello, ottiene grazie all'aiuto dei sarzanesi, i terreni vallivi, in particolare il borgo di Santo Stefano Magra che passa dal dominio sforzesco a quello genovese.
Pur non dimostrando soggezione di vassallo, bensì spirito indomito di libertà nei confronti delle signorie straniere, ormai S.Stefano Magra è un borgo subalterno della vicina Sarzana. Conosce anni di sviluppo economico e sociale, ma subisce anche l'imposizione di nuove tasse.
Nella seconda metà del 1600 il borgo riprende vivacità ed i suoi abitanti si oppongono al progetto della Repubblica di Genova di deviare il corso della Magra nel Golfo per il recupero di circa 15 chilometri di territorio che verrebbe sottratto alla furia del fiume.
Alla fine del 1700, Santo Stefano Magra definisce proficui rapporti di collaborazione col governo francese, attraverso l'Amministrazione Centrale di Spezia, detta anche di Porto Venere.
Comincia il graduale passaggio dalla amministrazione Genovese a quella di Napoleone, che si concretizzerà con l'annessione della Liguria all'Impero d'oltralpe.
L'annessione alla Francia porta conseguenze economiche e sociali assai rilevanti. Prevalgono gli interessi industriali e commerciali su quelli agricoli che provocano lo spostamento del centro di gravità della Lunigiana da Sarzana a Spezia, cioè dalla campagna alla costa.
A S.Stefano Magra viene istituito un giudice di pace. Il borgo fa parte del Circondario di Sarzana.
Il Congresso di Vienna nel dicembre 1814 consegna la Liguria sotto il dominio sabaudo.
Con Regio Editto 1818, 1 novembre, viene costituita la Provincia di Levante, con sede a La Spezia. Santo Stefano Magra è aggregato, come Ponzano Superiore, al mandamento di Sarzana.
La vita politica locale è praticamente sottomessa alle esigenze sabaude. Il controllo sugli atti della comunità spetterà d'ora in avanti all'intendente provinciale.

CESARE ARZELA' - Il 6 marzo 1847 S.Stefano Magra diede i natali a Cesare Arzelà, insigne matematico, noto per i suoi contributi scientifici alla teoria delle funzioni di variabile reale. Frequentò il ginnasio di Sarzana per poi passare al liceo di Pisa. Laureatosi nel 1869 alla Scuola Normale Superiore di Pisa e ottenuto il diploma di insegnamento, fu docente in varie scuole superiori (tra cui Macerata e Firenze) e nelle università (Pisa, Palermo e Bologna). Si rese autore di numerose pubblicazioni scientifico-matematiche, tra le quali si ricorda un "Trattato di algebra elementare" del 1880, affermatosi come il testo di matematica più adottato nelle scuole superiori.